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Registros recuperados : 21 | |
2. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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3. | | NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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4. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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5. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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6. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009 Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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7. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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8. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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9. | | DIAS-LOPES, C.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M.; GRANIER, C.; CHÁVEZ-OLORTEGUI, C.; MOLINA, F.; FELICORI, L. Identification of new Sphingomyelinases D in pathogenic fungi and other pathogenic organisms. PLoS ONE, San Francisco, v. 8, n. 11, p. 1-12, 2013. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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10. | | SALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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11. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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12. | | MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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13. | | BRAGHINI, C. A.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G.; SOARDI, F. C.; MELLO, M. P. de; COSTA, V. P.; VASCONCELLOS, J. P. C. de; MELO, M. B. de. New mutation in the myocilin gene segregates with juvenile-onset open-angle glaucoma in a Brazilian family Gene, Amsterdam, v. 535, n. 1, p. 50-57, July 2013. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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15. | | NESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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16. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; NESHICH, G.; JARDINE, J. G. Xylella fastidiosa hexameric pilus retraction motor PILT interfaces are maintained by non-hydrophobic contacts. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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17. | | MORAES, F. R. de; VILLANUEVA, W. J. P.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; NISHIMURA, L.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. SIPEPPI, a systematic neuron network-based methodology for predicting protein-protein interfaces using STING database descriptors. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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19. | | RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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20. | | RIBEIRO; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010. Disponível em:.Acesso em: 5 jan. 2011. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Registros recuperados : 21 | |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
25/02/2013 |
Data da última atualização: |
01/03/2013 |
Tipo da produção científica: |
Software |
Autoria: |
NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, I. A. P.; PEREIRA, J. G. C. |
Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; INÁCIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPTIA; FÁBIO R. DE MORAES; JOSÉ A. SALIM; IZABELLA A. P. NESHICH; JOSÉ G. C. PEREIRA. |
Título: |
STING_LDA_PIP - STING: Linear discriminate analysis with cross-validation for protein interface prediction. Versão 1.0. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. |
Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Script escrito em linguagem do software estatístico R para treinamento e validação cruzada (10 fold-cross validation) de modelos classificadores utilizando análise discriminante linear (LDA sigla em ingles). O objetivo deste software é possibilitar a previsão das interfaces proteicas com intuito de identificar os alvos para novos agroquímicos e drogas. |
Palavras-Chave: |
Análise discriminante linear; Interfaces proteicas; Software estatístico R. |
Thesaurus NAL: |
Computer software. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 01131nam a2200253 a 4500 001 1950841 005 2013-03-01 008 2012 bl uuuu u0uu1 u #d 100 1 $aNESHICH, G. 245 $aSTING_LDA_PIP - STING$bLinear discriminate analysis with cross-validation for protein interface prediction. Versão 1.0. 260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2012 300 $c1 CD-ROM. 520 $aScript escrito em linguagem do software estatístico R para treinamento e validação cruzada (10 fold-cross validation) de modelos classificadores utilizando análise discriminante linear (LDA sigla em ingles). O objetivo deste software é possibilitar a previsão das interfaces proteicas com intuito de identificar os alvos para novos agroquímicos e drogas. 650 $aComputer software 653 $aAnálise discriminante linear 653 $aInterfaces proteicas 653 $aSoftware estatístico R 700 1 $aMAZONI, I. 700 1 $aYANO, I. H. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aMORAES, F. R. de 700 1 $aSALIM, J. A. 700 1 $aNESHICH, I. A. P. 700 1 $aPEREIRA, J. G. C.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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